Proteómica

Técnicas

Stacks Image 30368
La Proteómica es esencialmente el estudio y caracterización de todo el conjunto de proteínas (proteoma) expresadas por un genoma, con el fin de obtener una visión global integrada de los procesos celulares. El proteoma de una célula varía según el estado en que se encuentre, de manera que en cada momento y en cada tipo celular el perfil de proteínas expresadas será diferente. Las proteínas pueden identificarse y clasificarse con respecto a su función y a las interacciones que establecen entre ellas, y de este modo caracterizar las redes funcionales que establecen y su dinámica durante los procesos fisiológicos y patológicos.
El principal objetivo de la Unidad de Proteómica es proporcionar apoyo y asesoramiento científico-técnico a la comunidad universitaria y a otras instituciones públicas o privadas en la identificación y caracterización de proteínas, así como de otras biomoléculas, fundamentalmente mediante técnicas de espectrometría de masas (EM). La espectrometría de masas está basada en el comportamiento diferencial que presentan las moléculas ionizadas al atravesar campos eléctricos y magnéticos. Esta técnica permite que dichos iones sean separados en función de su relación masa/carga (m/z) y detectados posteriormente.

Mediante espectrometría de masas es posible obtener información estructural de las proteínas, tal como su masa o la secuencia de aminoácidos que la forman. Esta información puede utilizarse para identificar proteínas mediante la búsqueda en bases de datos. La espectrometría de masas también resulta útil para identificar y localizar modificaciones post-traduccionales en las proteínas.

La Unidad de proteómica cuenta con dos plataformas en las que se acopla la nano-cromatografía líquida a dos espectrómetros de masas, que difieren en el método de ionización de la muestra. Los métodos que se emplean en nuestra unidad para generar iones desolvatados son el MALDI (matrix-assisted laser desorption/ionization) y el ESI (electrospray ionization). Tanto el MALDI como el ESI son métodos de ionización suaves donde se mantiene relativamente la integridad de la muestra. El tándem cromatografía líquida y espectrometría de masas posibilita además la identificación de mezclas proteicas semicomplejas.
La unidad está equipada además con otros equipos (FPLC, HPLC, analizador multiparamétrico Bioplex) que posibilitan la separación, purificación y cuantificación de proteínas.

Las técnicas y servicios ofertados por la unidad de proteómica son las siguientes:

Preparación de muestras:
  • Extracción de proteínas.
  • Desalado y concentración de muestras por ultracentrifugación.
  • Purificación de péptidos por RP-HPLC.
  • Digestión enzimática manual y automatizada de proteínas en gel y en disolución.

Técnicas cromatográficas:
  • HPLC: cromatografía líquida de alto rendimiento.
  • FPLC: cromatografía líquida de media presión.
  • TLC: Cromatografía en capa fina.

Técnicas de espectroscopía de masas:
  • Determinación de masas moleculares de proteínas.
  • Identificación de proteínas.
  • Estudio de modificaciones post-traduccionales.
  • Análisis de perfiles proteicos.

Inmunoensayos con sistema de multidetección en suspensión (Tecnología Luminex).

Aplicaciones

Stacks Image 30390
La proteómica constituye hoy en día una de las principales herramientas de investigación en el área de las Ciencias de la Vida. Las aplicaciones de la proteómica son múltiples, destacando las del campo de la Biomedicina, tales como:
  • Identificación de biomarcadores para el diagnóstico de enfermedades.
  • Desarrollo de nuevos fármacos y vacunas.
  • Determinación de mecanismos moleculares involucrados en la patogenia de enfermedades.
  • Identificación de microorganismos.
  • Estudios ecológicos y evolutivos.
  • Stacks Image 32456
  • Stacks Image 32459
  • Stacks Image 32462

Equipamiento

El equipamiento disponible:
  • Stacks Image 32354

    nano-HPLC-ESI-ionTrap-MS Amazon Speed ETD (Bruker)

    Stacks Image 32359
    Consta de un espectrómetro de masas con analizador por trampa de iones y una fuente de ionización a presión atmósférica por electrospray (ESI). La muestra en solución se hace pasar a través de un capilar al que se aplica un alto potencial eléctrico, a la salida del capilar la solución se dispersa en forma de spray formado por pequeñas gotas cargadas, las cuales se evaporan rápidamente por un proceso de desorción del campo eléctrico o de evaporación del solvente, liberando moléculas protonadas a la fase gaseosa. ESI es una técnica de ionización para pequeñas cantidades de moléculas como péptidos, proteínas o polímeros. El espectrómetro va precedido de un sistema de cromatografía líquida de alta eficacia (HPLC) con nanoflujo (nano-HPLC) que permite la separación de los péptidos antes de ser inyectados hacia la fuente de ionización, así como la eliminación de pequeñas cantidades de contaminantes (sales, detergentes) que interfieren con el análisis. Los péptidos son inyectados y retenidos en una columna C18 y secuencialmente liberados e ionizados. El analizador es capaz de ir fragmentándolos de manera automática de modo que podemos identificar la proteína o la mezcla de proteínas inicial. El sistema está optimizado para aplicaciones de identificación, caracterización y secuenciación de novo de proteínas, estudios de modificaciones postraduccionales, así como para determinación estructural de moléculas pequeñas, del tipo de productos naturales, metabolitos, etc
    Close
  • Stacks Image 32366

    MALDI-TOF-TOF Ultraflexextreme(Bruker)

    Stacks Image 32371
    La ionización MALDI (desorción/ionización mediante láser asistida por matriz), acoplada a un analizador TOF (tiempo de vuelo), es una técnica de ionización suave utilizada en espectrometría de masas que permite el análisis de biomoléculas (biopolímeros como proteínas, péptidos y azúcares) y moléculas orgánicas grandes (como polímeros, dendrímeros y otras macromoléculas) que tienden a hacerse frágiles y fragmentarse cuando son ionizadas por métodos más convencionales.
    En esta técnica la muestra se mezcla con la matriz en exceso sobre una superficie de metal de tal forma que ambas cocristalizan cuando se evapora el solvente. Esta preparación es sometida a pulsos cortos de láser en alto vacío lo que provoca que la absorción de energía por parte de la matriz sea convertida en energía de excitación y en transferencia de H+ a la muestra (ionización) dando lugar, normalmente, a especies monocargadas que son analizadas mediante TOF. Este analizador permite la determinación de la masa en una región de alto vacío mediante una medida muy precisa del período de tiempo desde la aceleración de los iones en la fuente hasta que impactan con el detector.
    Este espectrómetro de masas permite obtener la masa exacta y una elevada resolución espectral trabajando en modo MS y en modo de fragmentación MS/MS. Permite el análisis de proteínas intactas ("top-down proteomics"), la secuenciación de novo de péptidos, la identificación de proteínas y la posibilidad de obtener perfiles proteicos y lipídicos en tejido intacto ("tissue imaging mass spectrometry").
    Close
  • Stacks Image 32383

    nanoHPLC EASY-NLC II (Bruker)

    Stacks Image 32388
    Este nano-HPLC está acoplado a un colector de fracciones para placas MALDI para la separación de péptidos provenientes de digestiones de mezclas de proteínas.
    Close
  • Stacks Image 32396

    Colector de fraccionespara placas Proteineer FC II

    Stacks Image 32401
    Permite el fraccionamiento de péptidos, separados mediante nanocromatografía líquida, al depositar microgotas de la muestra separada mezclada con la matriz correspondiente sobre la placa MALDI, automatizando el flujo de trabajo.
    Close
  • Stacks Image 32412

    Sistema Image-Prep (Bruker)>

    Stacks Image 32417
    Dispositivo para la preparación automatizada de muestras de tejido con matriz para MALDI-imaging (técnica que permite medidas del espectrómetro de masas sobre cortes de tejidos pudiéndose visualizar los compuestos detectados como una imagen).
    Close
  • Stacks Image 32425

    Digestor automático para apliaciones de proteómica Intavis

    Stacks Image 32430
    Este robot permite realizar bajo condiciones controladas y automatizadas la digestión enzimática de proteínas en solución o previamente separadas en geles de poliacrilamida mono o bidimensionales, teñidos con Azul de Coomassie o con plata. Así mismo, el sistema permite la extracción de los péptidos para su posterior análisis por espectrometría de masas. Es un equipo ideal para procesar múltiples muestras para análisis posterior por espectrometría de masas y evitar las contaminaciones frecuentes cuando se realizan digestiones proteolíticas manuales.
    Close
  • Stacks Image 32438

    HPLC-UV con colector de fracciones Biologic DuoFlow

    Stacks Image 32443
    Este termociclador de 96 pocillos de 0.2 mL, cuenta con un bloque VeriFlex que proporciona seis bloques de temperatura independiente para un control preciso sobre la optimización de la PCR.
    La capacidad de ejecutar métodos PCR Fast o estándar le ofrece flexibilidad para reducir el tiempo de la PCR.
    Close
  • Stacks Image 32498

    HPLC Agilent 1200

    Stacks Image 32503
    Equipo de HPLC con bomba cuaternaria para 4 canales de fase móvil, desgasificación de disolventes de la fase móvil por vacío, inyector automático de muestras, detector UV/visible, detector de fluorescencia, horno para termostatización de columnas, colector de fracciones, unidad de refrigeración de fase móvil, software de control y análisis de datos.
    Close
  • Stacks Image 32513

    Bioplex 200 (Biorad)

    Stacks Image 32518
    Es un citómetro de flujo especializado, basado en la tecnología xMAP de Luminex, que permite detectar y cuantificar hasta 100 biomoléculas (proteínas, péptidos y ácidos nucleicos) en un único pocillo en placas de 96, utilizando muy poco volumen de muestra, ya sea sobrenadante de cultivos celulares, plasma, suero u otros fluidos biológicos. Existen en el mercado numerosos kits para llevar a cabo el análisis multiparamétrico de muy diversos biomarcadores (inflamación, cáncer, diabetes…) de manera rápida, precisa y reproducible, siendo una alternativa más ventajosa a los ensayos de ELISA tradicionales.
    Close
  • Stacks Image 32524

    Estación de lavado Bioplex Whas Station (Biorad)

    Stacks Image 32529
    Estación de lavado que elimina los pasos de lavado manual de los ensayos de Bioplex, haciéndolos más fiables y reproducibles ya que reduce la intervención manual y disminuye la variabilidad entre los experimentos independientes. Incorpora una base magnética para los lavados en ensayos basados en microesferas magnéticas.
    Close
  • Personal

    ¡Bienvenido!

    Casimiro Cárdenas García

    Técnico Responsable
    Doctor en Biología.
    TELÉFONO
    +34 952132210
    CORREO
    ccg@uma.es
    DIRECCIÓN
    Bulevar Louis Pasteur 33
    Edificio SCAI
    Planta Primera B2-05
    290171 Málaga
    ¡Bienvenido!

    Mercedes Martín Rufián

    Técnico
    Licenciada en Bioquímica y doctora en Biología Molecular y Bioquímica. Postdoctoral en el Instituto de Ciencias Biomédicas de São Paulo (Brasil) y especialización en el campo de la Proteómica (curso de MALDI TOF-TOF y curso de capacitación en análisis de muestras para búsqueda de biomarcadores y patrones de expresión diferencial asociados con diferentes enfermedades.
    TELÉFONO
    +34 952132210
    CORREO
    mercherub@uma.es
    DIRECCIÓN
    Bulevar Louis Pasteur 33
    Edificio SCAI
    Planta Primera B2-05
    290171 Málaga
    ¡Bienvenido!

    Carolina Lobo García

    Técnico
    Doctora en Biología.
    TELÉFONO
    +34 952132210
    CORREO
    lobo@uma.es
    DIRECCIÓN
    Bulevar Louis Pasteur 33
    Edificio SCAI
    Planta Primera B2-05
    290171-Málaga
  • Información adicional

  • Portafolio de servicios

    • PRO001 Espectroscopía de fluorescencia / h.
    • PRO002 Espectroscopía de fluorescencia sin operador / h.
    • PRO003 Identificación proteínas por nHPLC-MS/MS (<5 muestras).
    • PRO004 Identificación proteínas por nHPLC-MS/MS (5-20 muestras).
    • PRO005 Identificación proteínas por nHPLC-MS/MS (>20 muestras).
    • PRO006 Identificación proteínas: análisis de datos adicionales / h.
    • PRO007 Identificación proteínas: análisis de datos adicionales / h sin operador.
    • PRO008 Análisis FPLC.
    • PRO009 Fragmentación nESI-online secuenciación de novo (<5 muestras).
    • PRO010 Fragmentación nESI-online secuenciación de novo (5-20 muestras).
    • PRO011 Fragmentación nESI-online secuenciación de novo (>20 muestras).
    • PRO012 Fragmentación nESI-online sec. novo: análisis de datos adicionales / h.
    • PRO013 Fragmentación nESI-online sec. novo: análisis de datos adicionales / h.
    • PRO014 Análisis SELDI-TOF / h array (consultar).
    • PRO015 Digestión tríptica de proteínas / muestra.
    • PRO016 Desalar o concentrar con Zip Tip / muestra.
    • PRO017 Análisis por FPLC / h.
      PRO018 Análisis por TLC rutina.
    • PRO019 Análisis por TLC / h.
    • PRO020 Análisis HPLC rutina.
    • PRO021 Análisis HPLC / h.
    • PRO022 Extracción de proteínas.
    • PRO023 Cuantificación de proteínas por el método Bradford.
    • PRO024 Precipitación de muestra.
    • PRO025 Digestión automática.
    • PRO026 Electroforesis bidimensional: Preparación de la muestra, limpieza, gel 2D, tinción plata/coomassie y adquisición de imágenes (gel pequeño 8x7).
    • PRO027 Electroforesis bidimensional: Preparación de la muestra, limpieza, gel 2D, tinción plata/coomassie y adquisición de imágenes (gel mediano 16x14).
    • PRO028 Electroforesis bidimensional: Preparación de la muestra, limpieza, gel 2D, tinción plata/coomassie y adquisición de imágenes (gel grande 26x22).
    • PRO029 Electroforesis 2D diferencial cuantitativa (DIGE): Preparación de la muestra, marcaje con 3 fluorocromos, gel 2D, adquisición de imágenes y análisis automático de geles (gel grande 26x22).
    • PRO030 Picado automático de spots (placa de 96 p).
    • PRO031 Plataforma LC-MALDI: nanoHPLC, robot recolector en placas MALDI, adquisición de espectros y análisis MALDI-TOF o MALDI-TOF/TOF.
    • PRO032 Plataforma LC-MALDI: nanoHPLC, robot recolector en placas MALDI, adquisición de espectros y análisis MALDI-TOF o MALDI-TOF/TOF.
    • PRO033 Plataforma LC-MALDI: nanoHPLC, robot recolector en placas MALDI, adquisición de espectros y análisis MALDI-TOF o MALDI-TOF/TOF.
    • PRO034 Personal técnico (instrumental) / h.
    • PRO035 Personal técnico (asesoría científico/técnica) / h.
    • PRO036 Equipo Luminex.
    • PRO037 Purificación de muestra para análisis proteómico.
    • PRO038 Identificación de proteínas por nHPLC-MS/MS (>100 muestras).
  • Documentos de interés

Abrir todo Cerrar todo