Genómica
Técnicas
Las prestaciones disponibles del servicio se subdividen en cinco áreas de técnicas:
- Ultrasecuenciación.
- Secuenciación Sanger.
- Genotipado.
- Microdisección láser.
- Control de calidad y preparación de muestras de ácidos nucleicos.
Aplicaciones
Ultrasecuenciación
Con una de las herramientas más avanzadas en el campo de la ultrasecuenciación (NextSeq 550, Illumina) capaz de generar hasta 800 millones de lecturas pareadas (120Mb) de un tamaño máximo de 150pb, el servicio pone a disposición un amplio rango de aplicaciones tales como:
- Secuenciación de genomas.
- Secuenciación de exomas.
- Secuenciación RNA total (RNA codificante y no codificante).
- Secuenciación de RNA mensajero.
- Secuenciación de microRNAs.
- Resecuenciación dirigida (paneles).
- Metagenómica por shotgun.
- Metagenómica por amplicones, etc.
Secuenciación Sanger
El servicio cuenta con un Analizador genético de 4 capilares (ABI 3130) para la secuenciación Sanger de ADN, que puede ser empleado no solo para la secuenciación “de novo” de moléculas de ADN de las que no se tenga información previa, sino también para la resecuenciación, revisión o confirmación de regiones específicas o variaciones genéticas concretas de interés en proyectos de genotipado o secuenciación masiva.
Genotipado
En función de las necesidades de la comunidad científica, como puede ser la detección, estudio o análisis de SNPs, Indels, o microsatélites como los STRs, se dispone de distinto instrumental. Estos son:
- Equipo de electroforesis capilar (4 capilares), como es el Analizador genético ABI 3130.
- Equipo de PCR en tiempo real (Light Cycler 480) empleado no solo para la cuantificación absoluta y relativa (análisis de expresión) de ácidos nucleicos, sino también para genotipado masivo mediante distintas técnicas moleculares.
- dHPLC, Equipo de cromatografía líquida desnaturalizante de alto rendimiento.
Microdisección Láser
El sistema de microdisección láser (LMD 7000, Leica) es un microscopio óptico que incorpora un láser para aislar regiones microscópicas a partir de muestras de tejidos. Los investigadores pueden, selectivamente y de modo rutinario, analizar regiones de interés a nivel celular a partir de cualquier tipo de tejido, incluso cultivos celulares, para obtener resultados relevantes, reproducibles y específicos. El servicio cuenta además con un criostato (MNT, SLEE) con microtomo rotatorio de 24 posiciones de congelación, con un rango de corte de 0,5 a 100 µm y un rango de temperatura de -10ºC a -45ºC.
Control de calidad y preparación de muestras de ácidos nucleicos
El servicio de genómica dispone de una serie de equipos adicionales enfocados a la manipulación de los ácidos nucleicos:
- Extracción automatizada de ácidos nucleicos (QiaCube) para proyectos de genotipado y secuenciación masiva.
- Determinación de la calidad del ADN/ARN (índice RIN) mediante el sistema bioanalizador 2100 de Agilent).
- Determinación de la cantidad de ácidos nucleicos con métodos fluorimétricos (Picogreen/Ribogreen/Qubit).
- Cuantificación y análisis de calidad de ácidos nucleicos mediante método espectrofotomético con el equipo Nanovue.
- Fragmentación controlada del ADN/ARN con el sistema hydroshear de Digilab.
- Fraccionamiento de ADN de alto peso molecular mediante electroforesis en campo pulsado (Sistema CHEF DRIII).
- Electroelución de ADN de geles (Elutrap).
Equipamiento
El equipamiento disponible:
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Personal
¡Bienvenido!Josefa Gómez Maldonado
Técnico ResponsableDoctora en Biología. Premio extraordinario de tesis de Licenciatura. Becaria predoctoral en la UMA y Universidad de Oxford. Experiencia multidisciplinar colaborando en proyectos dentro del campo de la biología molecular, bioquímica, farmacología y la biomedicina. Larga trayectoria en el manejo de equipos tecnológicos para a la investigación científica.TELÉFONO+34 951952780CORREOpgomez@uma.esDIRECCIÓNSevero Ochoa 34
Parque Tecnológico de Andalucía (PTA)
Edificio SCBI
Planta Primera
29590 Campanillas (Málaga)¡Bienvenido!Diego Lozano Peral
Técnico ResponsableLicenciado en Biología. Máster en Biotecnología Avanzada. Actualmente compatibiliza su trabajo con su formación como doctorando en el programa de Biomedicina, investigación traslacional, y nuevas tecnologías en salud de la Universidad de Málaga. Beca de Excelencia 2016-2017 de la Fundación IMFAHE, estancia de investigación en el Moffitt Cancer Center, Tampa (EE.UU.). Experiencia en biología molecular, cultivos celulares y genotipado.TELÉFONO+34 951952776CORREOdlozanop@uma.esDIRECCIÓNSevero Ochoa 34
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Información adicional
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Portafolio de servicios
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Documentos de interés