Genómica

Técnicas

Stacks Image 30368
El objetivo fundamental de la Unidad de Genómica es poner a disposición de la comunidad universitaria e instituciones científicas públicas o privadas que lo requieran, el soporte instrumental y el asesoramiento científico sobre técnicas experimentales utilizadas en la manipulación y el análisis del ADN y ARN.
Las prestaciones disponibles del servicio se subdividen en cinco áreas de técnicas:
  • Ultrasecuenciación.
  • Secuenciación Sanger.
  • Genotipado.
  • Microdisección láser.
  • Control de calidad y preparación de muestras de ácidos nucleicos.

Aplicaciones

Stacks Image 30390

Ultrasecuenciación


Con una de las herramientas más avanzadas en el campo de la ultrasecuenciación (NextSeq 550, Illumina) capaz de generar hasta 800 millones de lecturas pareadas (120Mb) de un tamaño máximo de 150pb, el servicio pone a disposición un amplio rango de aplicaciones tales como:
  • Secuenciación de genomas.
  • Secuenciación de exomas.
  • Secuenciación RNA total (RNA codificante y no codificante).
  • Secuenciación de RNA mensajero.
  • Secuenciación de microRNAs.
  • Resecuenciación dirigida (paneles).
  • Metagenómica por shotgun.
  • Metagenómica por amplicones, etc.

Secuenciación Sanger


El servicio cuenta con un Analizador genético de 4 capilares (ABI 3130) para la secuenciación Sanger de ADN, que puede ser empleado no solo para la secuenciación “de novo” de moléculas de ADN de las que no se tenga información previa, sino también para la resecuenciación, revisión o confirmación de regiones específicas o variaciones genéticas concretas de interés en proyectos de genotipado o secuenciación masiva.

Genotipado


En función de las necesidades de la comunidad científica, como puede ser la detección, estudio o análisis de SNPs, Indels, o microsatélites como los STRs, se dispone de distinto instrumental. Estos son:
  • Equipo de electroforesis capilar (4 capilares), como es el Analizador genético ABI 3130.
  • Equipo de PCR en tiempo real (Light Cycler 480) empleado no solo para la cuantificación absoluta y relativa (análisis de expresión) de ácidos nucleicos, sino también para genotipado masivo mediante distintas técnicas moleculares.
  • dHPLC, Equipo de cromatografía líquida desnaturalizante de alto rendimiento.

Microdisección Láser


El sistema de microdisección láser (LMD 7000, Leica) es un microscopio óptico que incorpora un láser para aislar regiones microscópicas a partir de muestras de tejidos. Los investigadores pueden, selectivamente y de modo rutinario, analizar regiones de interés a nivel celular a partir de cualquier tipo de tejido, incluso cultivos celulares, para obtener resultados relevantes, reproducibles y específicos. El servicio cuenta además con un criostato (MNT, SLEE) con microtomo rotatorio de 24 posiciones de congelación, con un rango de corte de 0,5 a 100 µm y un rango de temperatura de -10ºC a -45ºC.

Control de calidad y preparación de muestras de ácidos nucleicos


El servicio de genómica dispone de una serie de equipos adicionales enfocados a la manipulación de los ácidos nucleicos:

  • Extracción automatizada de ácidos nucleicos (QiaCube) para proyectos de genotipado y secuenciación masiva.
  • Determinación de la calidad del ADN/ARN (índice RIN) mediante el sistema bioanalizador 2100 de Agilent).
  • Determinación de la cantidad de ácidos nucleicos con métodos fluorimétricos (Picogreen/Ribogreen/Qubit).
  • Cuantificación y análisis de calidad de ácidos nucleicos mediante método espectrofotomético con el equipo Nanovue.
  • Fragmentación controlada del ADN/ARN con el sistema hydroshear de Digilab.
  • Fraccionamiento de ADN de alto peso molecular mediante electroforesis en campo pulsado (Sistema CHEF DRIII).
  • Electroelución de ADN de geles (Elutrap).
  • Stacks Image 32525
  • Stacks Image 32528
  • Stacks Image 32531

Equipamiento

El equipamiento disponible:
  • Stacks Image 32023

    Equipo Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer

    Stacks Image 32028
    Analizador Genético de ADN mediante electroforesis capilar totalmente automático desde la carga de la muestra hasta su análisis, que dispone de un sistema automático de llenado y alineamiento de los 4 capilares, de inyección automática y de software de análisis específico para las distintas aplicaciones.
    Equipo totalmente controlado por ordenador, utiliza la técnica de marcaje del DNA con hasta 5 fluorocromos distintos y es capaz de realizar Secuenciación de ADN, Análisis de Fragmentos y Genotipado.
    Incluye el control del sistema y el análisis de los datos que permite que el equipo funcione sin intervención del usuario de forma automática y continuada durante las 24 horas alcanzando una capacidad de procesamiento de hasta 164 secuencias dependiendo de la longitud de la misma (con nivel de error inferior al 2%), ó 144 análisis de fragmentos diarios. Incluye análisis de calidad de las secuencias.
    El sistema consta de:
    • Unidad de Electroforesis Capilar con placa de calentamiento capaz de controlar la temperatura desde 18 °C hasta 65 °C.
    • Detector simultáneo de distintas emisiones de fluorescencia con capacidad de detección de hasta 5 fluorocromos.
    • Unidad de detección compuesta por cámara CCD que recoge en multi-frecuencia todas las emisiones de fluorescencia de 514 a 680 nm detectando todo el espectro de emisión de cada uno de los marcadores fluorescentes.
    • Un Soporte electroforético de arrays de 4 capilares de 50 micras, disponible en 22, 36, 50 y 80 cm con llenado automático con los mismos polímeros tanto para secuenciación como para análisis de fragmentos (POP-4, POP-6 y POP-7).
    • Cargador automático de muestras compuesto por una bandeja de hasta 96 pocillos y un sistema automático de inyección electrocinética de los fragmentos de ADN.
    Close
  • Stacks Image 32218

    Bioanalizador 2100 (Agilent)

    Stacks Image 32223
    Es un sistema de electroforesis automatizado on-a-chip de ADN, ARN y proteínas. La electroforesis en este equipo permite el procesamiento de datos digitalizados usando un software específico que permite identificar cada una de las bandas presentes en la muestra mostrando su tamaño, su concentración en pg-ng/μl y su molaridad en tan solo 30 minutos. La electroforesis se lleva a cabo en un soporte sólido (chip) que consume 1μl de muestra. Tienen función de superposición, escalado y zoom de hasta 48 muestras dentro de un chip o múltiples chips.

    Las principales funciones del equipo son:
    1. Chequeo de calidad de ARN: ARN total y mensajero con el índice RIN (RNA integrity Number) y ARNs pequeños.
    2. Chequeo de calidad de ADN en alta resolución de separación y cuantificación.
    3. Alternativa a SDS-PAGE para el análisis de proteínas.
    Close
  • Stacks Image 32576

    CHEF-DR III

    Stacks Image 32581
    La electroforesis en gel de campo pulsado se usa para el análisis y la identificación de fragmentos de ADN mayores de 2Kb. Esta técnica electroforética permite resolver tamaños de ADN de alto peso molecular. La separación se realiza alternando el campo eléctrico entre diferentes pares de electrodos, causando una reorientación continua de los fragmentos que migran a través de la agarosa.
    • Ángulo de pulso: 90º a 120º, en incrementos de 1º.
    • Resolución: 100pb-10Mb.
    • Incluye módulo de enfriamiento y bomba de velocidad variable.
    Close
  • Stacks Image 32256

    Criostato MNT

    Stacks Image 32261
    Este modelo de criostato está equipado con un microtomo rotatorio completamente automático con una estabilidad mecánica extremadamente alta y un avance/retorno motorizado. El sistema incluye una cámara de acero inoxidable espaciosa y 24 posiciones de congelación de fácil acceso.
    • Rango de espesor de sección: 0,5μm - 100μm, en incrementos de 0,5μm.
    • Rango de temperatura: -10ºC a -45ºC.
    • Motor de corte con velocidad ajustable: 0,5-300 mm/s.
    • Tamaño máximo de la muestra: 28 mm.
    Close
  • Stacks Image 32270

    dHPLC WAVE System Model 4500HS - Transgenomic

    Stacks Image 32275
    Detección de variantes génicas con una sensibilidad cercana al 100%, disponiendo de una gran precisión para la detección de todo tipo de SNPs.
    Sistema totalmente automatizado, desde la toma de la muestra hasta el análisis de resultados, incluyendo el software correspondiente.
    Capacidad de análisis de hasta 96 muestras por carrera tras la amplificación de los fragmentos por PCR. Permite la separación y análisis de fragmentos de ácidos nucleicos.
    Elevada capacidad de detección de mutaciones poco frecuentes en muestras heterogéneas.
    Close
  • Stacks Image 32282

    Sistema Elutrap (Whatman)

    Stacks Image 32287
    Sistema diseñado para aislar los ácidos nucleicos y las proteínas de los bloques o tacos de gel de agarosa o poliacrilamida mediante electroelución. Las muestras se purifican y recuperan en volúmenes tan bajos como 20μl, sin requerir pretratamiento de muestras.

    Características y beneficios:
    • Es un sistema versátil ya que se puede usar para ácidos nucleicos y proteínas.
    • Purifica los ácidos nucleicos en rango de 14 pb a 150 Kb;
    • - Purifica las proteínas de más de 3 a 5 kD.
    • No se requieren tampones especiales para la elución.
    • Posee una trampa ajustable que permite la optimización de los volumen finales de muestra.
    • La cámara de electroforesis admite hasta cuatro dispositivos simultáneamente.
    Close
  • Stacks Image 32294

    NextSeq 550

    Stacks Image 32299
    Es un secuenciador de alto rendimiento que ofrece dos configuraciones con rendimiento variable.
    Este equipo además incluye un scanner de microarrays de Illumina, para los siguientes BeadChips: Infinium® CytoSNP-850K, HumanCytoSNP-12 y Infinium HumanKaryomap-12.
    Close
  • Stacks Image 32306

    HydroShear DNA system (Digilab)

    Stacks Image 32311
    El Hydroshear ofrece un método sencillo y fácil de usar, reproducible y controlable para fragmentar el ADN. El sistema crea y controla fuerzas hidrodinámicas que funcionan junto con diferentes ensambladores de corte para cortar el ADN de forma precisa.

    Parámetros de cizallamiento: Se pueden ajustar para producir diferentes longitudes de fragmentos de ADN, con un tamaño medio mínimo de 1,5Kb y hasta tamaños superiores a las 11Kb.

    Rutina de fragmentación: 10 min.

    Volumen de muestra: 40-500 μl.
    Close
  • Stacks Image 32331

    Microdisector láser LMD7000 (Leica)

    Stacks Image 32336
    La técnica LMD utiliza un láser para aislar regiones microscópicas específicas de muestras de tejido. El sistema posee el láser más potente y ajustable para la microdisección de todo tipo de tejidos. Es capaz de cortar fácilmente materiales duros como hueso, dientes, madera o tejido vegetal, así como cromosomas.

    • Especificaciones:
    • Movimiento láser a través de la óptica.
    • Corte mediado por láser UV de modo rápido, preciso y fiable incluso en tiempo real mientras la muestra permanece fija: sin contacto externo y sin contaminación.
    • Recolección de las microdisecciones de modo seguro e inteligente mediado por la gravedad sin ninguna fuerza adicional.
    • Documentación en películas en experimentos de time-lapse.
    • Láser de alta potencia y ajustable:
    • Longitud de onda: 349 nm
    • Frecuencia de pulso: 10–5.000 Hz
    • Duración de pulso: < 4 ns
    • Energía máxima de pulso: 120 μJ
    • Control total de la potencia, apertura, velocidad, frecuencia y foco del láser.
    • Flexible para una variedad de especímenes y aplicaciones.
    • Fluorescencia totalmente integrada.
    • Microscopio vertical con todos los beneficios de un microscopio de investigación de alta gama y totalmente automatizado.
    • Rango de objetivos dedicados a LMD: 5x, 10x, 20x, 40x, 63x.
    Close
  • Stacks Image 32343

    Plataforma PCR en tiempo real Light Cycler 480 II (Roche)

    Stacks Image 32348
    Equipo modular capaz de analizar 96 ó 384 muestras simultáneamente, para la detección cuantitativa o cualitativa de ácidos nucleicos o genotipado.
    Innovador sistema de control de temperatura, que conduce a una extraordinaria homogeneidad pocillo a pocillo y maximiza la reproducibilidad intra-ensayo e inter-ensayo.
    Sistema óptico de alto rendimiento que proporciona la máxima sensibilidad para todos los formatos en los 6 canales de detección (500nm, 533nm, 568nm, 610nm, 640nm, 670nm), asegurando la recogida uniforme de la señal fluorescente con independencia de la posición o del volumen de la muestra.
    Módulo de Software para adaptarse a las necesidades del usuario y obtener la información más completa de cada experimento de PCR en tiempo real.
    El instrumento se completa con reactivos específicamente desarrollados y dirigidos a las distintas aplicaciones, basados en la tecnología Fast Start que aseguran una óptima reproducibilidad y el máximo rango dinámico.
    .
    Close
  • Personal

    ¡Bienvenido!

    Josefa Gómez Maldonado

    Técnico Responsable
    Doctora en Biología. Premio extraordinario de tesis de Licenciatura. Becaria predoctoral en la UMA y Universidad de Oxford. Experiencia multidisciplinar colaborando en proyectos dentro del campo de la biología molecular, bioquímica, farmacología y la biomedicina. Larga trayectoria en el manejo de equipos tecnológicos para a la investigación científica.
    TELÉFONO
    +34 951952780
    CORREO
    pgomez@uma.es
    DIRECCIÓN
    Severo Ochoa 34
    Parque Tecnológico de Andalucía (PTA)
    Edificio SCBI
    Planta Primera
    29590 Campanillas (Málaga)
    ¡Bienvenido!

    Diego Lozano Peral

    Técnico Responsable
    Licenciado en Biología. Máster en Biotecnología Avanzada. Actualmente compatibiliza su trabajo con su formación como doctorando en el programa de Biomedicina, investigación traslacional, y nuevas tecnologías en salud de la Universidad de Málaga. Beca de Excelencia 2016-2017 de la Fundación IMFAHE, estancia de investigación en el Moffitt Cancer Center, Tampa (EE.UU.). Experiencia en biología molecular, cultivos celulares y genotipado.
    TELÉFONO
    +34 951952776
    CORREO
    dlozanop@uma.es
    DIRECCIÓN
    Severo Ochoa 34
    Parque Tecnológico de Andalucía (PTA)
    Edificio SCBI
    Planta Primera
    29590 Campanillas (Málaga)
  • Información adicional

  • Portafolio de servicios

  • Documentos de interés